Тонкинский район находится в Северном Заволжье. Всю его территорию покрывали широкотравные рамени (пихтово-еловые леса с обилием дубравных элементов). Эти леса сформировали наиболее богатые почвы, встречающиеся в зоне южной тайги. Не случайно здесь возникло одно из самых больших ополий Северного Заволжья. Небольшие болота, оказавшиеся на сельскохозяйственных землях, осушены. Агроландшафты оттеснили основную часть лесов к границам района. В уцелевших лесных массивах пихтово-еловая тайга значительно омоложена рубками разных лет, на больших площадях сменилась вторичными сосняками, осинниками, березняками. В природном каркасе Заволжья велико значение сохранившихся в Тонкинском районе (в основном в бассейне реки Ижма) фрагментов широкотравных раменей.
ООПТ занимают 2,4 % площади района. Охраняются участки высоковозрастных южно-таежных лесов, болото и марийские священные рощи.
К особо охраняемым природным территориям Тонкинского района относятся:
Gismeteo
